Fakültemizin ilk çekirdeğini Özel İstanbul Eczacılık Yüksekokulu oluşturur. Bu yüksekokulun açılışı Milli Eğitim Bakanlığına yapılan başvuru sonucu 09.11.1963 tarihinde gerçekleşmiştir. Eğitime ilk olarak Şişli'de bir binada Diş Hekimliği Yüksekokulu  ile birlikte başlanmıştır. Yüksekokul, 1965 yılında Nişantaşı Büyük Çiftlik sokaktaki binamıza taşınarak eğitim - öğretim faaliyetlerine burada devam edilmiş ve ilk mezunlar 1966 yılında verilmiştir.

    Türkiye'de özel yüksek öğretim döneminin sona ermesinden sonra, 09.07.1971 tarihinde çıkan bir kararla İstanbul İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'ne (İİTİA) bağlı Eczacılık Yüksekokulu kurulmuştur. İİTİA içinde 1979 yılı başlarında fakülteler şeklinde yeniden yapılanmaya gidilerek bir Eczacılık Bilimleri Fakültesi oluşturulmuştur. Son olarak 20.07.1982 tarihinde 41 sayılı kanun hükmünde kararname ile kurulan Marmara Üniversitesi'ne bağlanan İİTİA Eczacılık Yüksekokulu, bu tarihten sonra Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi adını almıştır. Nişantaşı’ndaki binamızda 1992 yılına kadar hizmet veren Fakültemiz, pek çok hatırayı burada bırakarak Üniversitemizin Haydarpaşa Yerleşkesindeki tarihi binaya taşınmıştır.

    Fakültemizin (Yüksekokul olduğu yıllarda) ilk dekanı Prof.Dr. İbrahim Gökaslan'dır. Kendisinin 1984 yılında vefatından sonra bu görev Prof.Dr. Cemil Şenvar tarafından yürütülmüş ve 1990 yılında Şenvar'ın emekli olmasından sonra Prof.Dr. Turay Yardımcı dekan olarak atanmıştır. Daha sonraki yıllarda sırasıyla Prof.Dr. Meral Keyer-Uysal, Prof.Dr. Emre Dölen ve Prof.Dr. Mürşit Pekin, fakültemizde dekanlık hizmetini üstlenmişlerdir.